انتقاد به بودجه این نهاد - به ویژه از سوی اصولگرایان- در سالهای اخیر کم نبوده است. از جمله خبرگزاری اصولگرای دانشجو سال ۹۶ در همین پیوند نوشت: «آنچه مهم است این است که در کنار بودجه اختصاص یافته، درآمدهای موسسه نیز مدنظر قرار گیرد. درآمدهایی که از اوقاف، زمین ها، اجاره و فروش املاک، سرمایه گذاریها در بخشهای مختلف اقتصادی و ... به دست میآید، میبایست توسط مسئولان موسسه با جزیئات کامل مشخص شود تا به این وسیله، شبهات رفع شود.» همان زمان سید حسن خمینی با افزایش انتقادات نسبت به بودجه کلانی که به این موسسه تعلق میگیرد، در اینستاگرام خود به پاسخ پرداخت و اعلام کرد که هیچ یک از اعضای خانوادهاش از این بودجه نفعی نمیبرند و از موسسه حقوق دریافت نمیکنند.
ویدیو:
سرنوشت دختر علوم تحقیقات
در دارالخلافه با بهزاد یعقوبی
مرز حریم خصوصی و عرصه عمومی کجاست؟